Sekolah Nasional Tiga Bahasa Budi Utama didirikan pada 17 Desember 2006 oleh Bapak Djawadi selaku Founding Father, dibantu beberapa tokoh masyarakat Yogyakarta. Sejak awal berdiri, Sekolah Nasional Tiga Bahasa Budi Utama berlokasi di Jalan Wijaya Kusuma 121 B, Kutu Dukuh, Sinduadi, Mlati, Sleman. Diawali dengan bangunan untuk operasional kegiatan di KB dan TK kemudian disusul dengan dibangunnya gedung SD yang mulai beroperasional pada tahun ajaran 2008/2009. Hingga saat ini, Budi utama memiliki tiga kompleks kampus. Kampus I seluas 8000 m2, Kampus II seluas 6000 m2, dan Kampus III seluas 5000 m2. Dengan visi awal: mengabdi melalui dunia pendidikan untuk mengembangkan potensi dan karakter siswa secara terpadu; dan misi awal: mewujudkan secara seimbang peserta didik yang cerdas secara akademik dan sosial emosional, sehat jasmani dan rohani, dan berbudi pekerti luhur, serta mengenal budaya bangsa yang berlandaskan kepercayaan dan ketaatan kepada Tuhan Yang Maha Esa, sekolah Budi Utama menjalankan aktivitasnya. Pada tahun 2012, Yayasan bersama seluruh staf merumuskan kembali visi dan misi sekolah.
Sekolah Nasional Tiga Bahasa Budi Utama didirikan pada 17 Desember 2006 oleh Bapak Djawadi selaku Founding Father, dibantu beberapa tokoh masyarakat Yogyakarta. Sejak awal berdiri, Sekolah Nasional Tiga Bahasa Budi Utama berlokasi di Jalan Wijaya Kusuma 121 B, Kutu Dukuh, Sinduadi, Mlati, Sleman. Diawali dengan bangunan untuk operasional kegiatan di KB dan TK kemudian disusul dengan dibangunnya gedung SD yang mulai beroperasional pada tahun ajaran 2008/2009. Hingga saat ini, Budi utama memiliki tiga kompleks kampus. Kampus I seluas 8000 m2, Kampus II seluas 6000 m2, dan Kampus III seluas 5000 m2. Dengan visi awal: mengabdi melalui dunia pendidikan untuk mengembangkan potensi dan karakter siswa secara terpadu; dan misi awal: mewujudkan secara seimbang peserta didik yang cerdas secara akademik dan sosial emosional, sehat jasmani dan rohani, dan berbudi pekerti luhur, serta mengenal budaya bangsa yang berlandaskan kepercayaan dan ketaatan kepada Tuhan Yang Maha Esa, sekolah Budi Utama menjalankan aktivitasnya. Pada tahun 2012, Yayasan bersama seluruh staf merumuskan kembali visi dan misi sekolah.
"Menjadi komunitas pembelajar yang mengembangkan potensi dan karakter siswa secara optimal dan terpadu, sehingga menjadi manusia yang berbudi utama dengan mengedepankan penguasaan tiga bahasa agar mampu bersaing dalam masyarakat global".
"Dilandasi semangat keberagaman dan kepercayaan kepada Tuhan Yang Maha Esa, Sekolah Budi Utama bertekad untuk:
1. Membantu siswa menjadi pribadi yang cerdas secara intelektual, emosional, spiritual, dan sosial melalui penguasaan tiga bahasa, agar mampu bersaing dalam masyarakat global;
2. Mendidik siswa menjadi pribadi yang jujur, rajin, disiplin, dan berbakti kepada keluarga, masyarakat, dan negara melalui berbagai pendampingan secara berkelanjutan agar dapat hidup selaras dalam bermasyarakat;
3. Mengembangkan siswa menjadi pribadi yang kreatif dan inovatif, berwawasan lingkungan dan teknologi, serta memiliki semangat kewirausahaan melalui kegiatan intra dan ekstrakurikuler agar mampu berperan aktif dalam masyarakat global".
Sekolah Nasional Tiga Bahasa Budi Utama bertujuan untuk mengembangkan potensi peserta didik secara optimal agar menjadi manusia yang beriman dan bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa, mempunyai keutamaan budi, sehat, cakap, kreatif, mandiri, dan menjadi pribadi yang kompetitif dalam persaingan global melalui penguasaan tiga bahasa dan kewirausahaan, dengan tetap menjadi pribadi yang nasionalis, demokratis dan tetap teguh dalam prinsip moral dan kemanusiaan.
Saat pertama dibuka dengan kelas kelompok bermain (KB), Sekolah Nasional Tiga Bahasa Budi Utama hanya memiliki 21 siswa, sedangkan guru dan karyawan sejumlah 6 orang. Pada tahun ajaran 2015-2016, Sekolah Nasional Tiga Bahasa Budi Utama memiliki siswa lebih dari 800 siswa, sementara guru dan karyawan lebih dari 60 orang. Tanggal 1 Desember 2006, TK Budi Utama mendapatkan ijin rencana pendirian dari Kepala Dinas Pendidikan Kabupaten Sleman dengan Surat Keputusan (SK) No. 171/KPTS/R/2006. Sedangkan Pada 16 September 2009, Sekolah Dasar (SD) Budi Utama mendapatkan ijin pendirian sementara dengan dikeluarkannnya Surat Keputusan Kepala Dinas Pendidikan Kabupaten Sleman No: 294/KPTS/2009. Selanjutnya pada tanggal 15 Oktober 2010 Sekolah Dasar Budi Utama mendapatkan Nomor Pokok Sekolah Nasional (NPSN), yakni nomor: 20409812 dan Nomor Statistik Sekolah (NSS) No: 1020 402 029 98.
Setiap siswa, per tahun ajaran 2010/2011 sudah memperoleh Nomor Induk Siswa Nasional (NISN). Begitu pula untuk beberapa guru yang memenuhi persyaratan, sudah mendapatkan Nomor Unik Pendidik dan Tenaga Kependidikan (NUPTK). Sejak tahun ajaran 2010/2011 SD Budi Utama secara rutin memperoleh dana BOS (Bantuan Operasional Sekolah), baik dari tingkat nasional, daerah, maupun provinsi. Pada 30 Desember 2011 SD Budi Utama memperoleh Ijin Pendirian tetap dengan keluarnya Surat Keputusan Kepala Dinas Pendidikan Kabupaten Sleman No: 437/KPTS/2011.
Sebagai bukti pengakuan pemerintah terhadap sistem pembelajaran di Budi Utama, pada bulan Desember 2013 SD Budi Utama mendapatkan akreditasi A dengan No. 2101/BAP-SM/TU/XII/2013.
Beberapa kegiatan besar yang pernah menjadi bagian dari perjalanan sejarah Sekolah Budi Utama diantaranya: pada peringatan Hari Pendidikan Nasional 2009, seluruh siswa SD Budi Utama melakukan pameran lukisan karya anak bertajuk "My Colorful world" di Sangkring Art Space, salah satu galeri seni yang dikenal di Yogyakarta. Hasilnya, banyak lukisan karya siswa yang dibeli oleh kolektor seni dari dalam maupun luar negeri. Hasil dari penjualan tersebut disumbangkan kepada beberapa sekolah di kawasan Kabupaten Sleman. Selain itu, pada 22 Desember 2009, Sekolah Budi Utama bersama Lembaga Perlindungan Anak DIY (LPA-DIY) mengadakan seminar "Anti Bullying" se-DIY dan berhasil mendeklarasikan gerakan Anti Bullying yang ditandatangani oleh ratusan peserta dan pengunjung. Selain itu, Sekolah Budi Utama selalu menyelenggarakan pentas seni siswa setiap tahun dengan nama Gelar Kreasi Anak Jogja (GKAJ).
Tahun 2011, Yayasan Pendidikan Budi Utama telah mempersiapkan perluasan sekolah dengan mendirikan gedung KB-TK baru yang berlokasi sekitar 100 meter dari lokasi gedung lama. Gedung baru yang berkonsep Go Green (berwawasan lingkungan) ini mulai digunakan tahun ajaran 2012-2013. SMP Budi Utama dimulai pada tahun ajaran 2012-2013 dan pendirian SMP ini mendapatkan izin dari Dikpora Kabupaten Sleman dengan Nomor SK Ijin Operasional Pendirian Sekolah : 196/KPTS/2012.
Untuk memenuhi kebutuhan masyarakat dan para orang tua SMP Budi Utama, maka pada tahun ajaran 2015-2016 telah dibuka SMA Budi Utama sehingga siswa yang berasal dari SMP Budi Utama dapat meneruskan pendidikan ke jenjang yang lebih tinggi di tempat yang sama.
Unsur - unsur lambang Sekolah Nasional Tiga Bahasa Budi Utama berikut maknanya adalah sebagai berikut.
a. Bentuk dasar logo adalah dua lingkaran yang dimaksudkan untuk menggambarkan suatu proses yang tidak terputus
(no beginning or end), yang selalu bergerak dinamis (free movement), dan keduanya melambangkan bumi dan matahari.
b. Dua orang dewasa pria dan wanita berwarna biru yang membimbing dua anak laki-laki dan perempuan yang menghadap
ke dalam mengandung makna bahwa Budi Utama sebagai lembaga pendidikan formal, berupaya membimbing siswa,
memberi inspirasi dengan penuh kerelaan (sincerity) menuju masa depan.
c. Lingkaran berwarna orange dengan 8 (delapan) sinar menggambarkan masa depan yang bahagia (joy) dan bersemangat
(enthusiasm), yang tidak terputus, harmonis (harmony), berkesinambungan, tak terbatas (infinite) dengan menjadi pembelajar sepanjang hayat.
d. Lingkaran hijau sebagai latar belakang adalah dunia yang penuh harapan (hope), yang sejahtera (properity), berkelimpahan (abundance) dan selalu bertumbuh (growth)
e. Ketiga unsur, dua lingkaran yang melambangkan bumi - matahari, dan manusia adalah relasi yang tak terpisahkan, harmonis, seimbang, dan selaras
"Budi Utama sebagai komunitas pembelajar, bersama-sama seluruh orang-orang dewasa di dalamnya, secara terus menerus dan dengan penuh kerelaan berupaya membimbing siswa menuju masa depan yang cerah dengan menjadi pembelajar sepanjang hayat demi terciptanya dunia yang selalu selaras, seimbang, bertumbuh, sejahtera dan berkelimpahan"